Tetramethylrhodamine Methyl Ester Perchlorate是膜可渗透的阳离子荧光探针，特异性识别线粒体膜电位，附着在线粒体上并产生明亮的荧光。在某些浓度下，罗丹明染料对细胞的毒性低，使其成为检测动物细胞、植物细胞和微生物线粒体的理想选择。

JC-1 (CBIC2) 是一种理想的荧光探针，广泛用于检测线粒体膜电位。JC-1以电位依赖方式积聚在线粒体中，用于检测细胞、组织或纯化线粒体中的膜电位。在正常线粒体中，JC-1在线粒体基质中聚集形成发射强红色荧光的聚合物（Ex=585nm，Em=590nm）。当线粒体膜电位低时，JC-1无法聚集并产生绿色荧光（Ex=514nm，Em=529nm）。

Rhodamine 123是一种可渗透细胞膜的阳离子荧光探针，能够特异性识别线粒体膜电位并在线粒体内聚集，产生强荧光。在适当浓度下，该染料对细胞毒性较低，因此广泛用于检测动物细胞、植物细胞和微生物中的线粒体。

TMRE是一种特定的线粒体染料，激发和发射波长分别为 550 nm 和 575 nm。

3,3'-Dihexyloxacarbocyanine iodide is a carbocyanine dye which can be used to monitor changes in mitochondrial membrane potential.