Propidium iodide (PI) is a red-fluorescent nuclear and chromosome counterstain which can bind to double stranded DNA by intercalating between base pairs.

Calcein-AM是一种细胞可渗透化合物，进入细胞后无荧光。一旦进入细胞内，内源性酯酶将其水解为钙黄绿素，这是一种不能穿过细胞膜的极性分子，发出强烈的绿色荧光。它常与碘化丙啶一起用于细胞活力或细胞毒性测定，激发/发射波长为494/515 nm。

Diphenyl Blue是一种细胞活性染料，常用于死细胞鉴定，染色后死细胞会变为蓝色。它能够用于检测细胞膜的完整性和细胞存活率。

JC-1 (CBIC2) 是一种理想的荧光探针，广泛用于检测线粒体膜电位。JC-1以电位依赖方式积聚在线粒体中，用于检测细胞、组织或纯化线粒体中的膜电位。在正常线粒体中，JC-1在线粒体基质中聚集形成发射强红色荧光的聚合物（Ex=585nm，Em=590nm）。当线粒体膜电位低时，JC-1无法聚集并产生绿色荧光（Ex=514nm，Em=529nm）。

MTT (thiazolyl blue tetrazolium bromide), a yellow dye, is used in measurement of cell proliferation. Succinate dehydrogenase in living cell mitochondria can reduce exogenous MTT to water-insoluble blue-purple crystalline formamidine.